Alberto,
Talvez na função /XNFE/PROCSTEP_NFOUPDFS do job de retorno para o ECC você consiga utilizar um enhancement. Há outras formas ainda...
O job do B2B recupera somente as notas marcadas para envio B2B, pelo o que entendi você quer enviar todas as notas aprovadas independente do cenário NTB2B ser chamado ou não.
abraços,
Tiago